Оформлять протокол и на водителя и на организацию (должностное лицо).
На водителя потому что:
1. он обязан сделать по требованию представителей контрольных органов распечатку (Приказ Минтранса РФ от 13.02.2013 № 36, Приложение 3, п.9 пп 4 и 5).
2. он управлет ТС с неисправным тахографом, т.к. тахограф должен обеспечивать вывод информации на печать(ПРИКАЗ МИНТРАНСА РФ ОТ 13.02.2013 № 36, ПРИЛОЖЕНИЕ 1, П.39) , а без бумаги он этого сделать не может.
На организацию (должностное лицо) потому что:
1. не обеспечили бумагой водителя (ПРИКАЗ МИНТРАНСА РФ ОТ 13.02.2013 № 36, ПРИЛОЖЕНИЕ 3, П.11)
2. ВЫпустили в рейс ТС с неисправным тахографом (ПРИКАЗ МИНТРАНСА РФ ОТ 13.02.2013 № 36, ПРИЛОЖЕНИЕ 1, П.39)
В ЕСТР есть аналогичные статьи. При необходимости могу и их привести.